O banheiro de uma aeronave funciona de maneira bem diferente de um banheiro normal. Cada vaso sanitário tem duas válvulas. Uma válvula de água e a válvula de descarga. A válvula de água fornece água do tanque de água potável para descarga dos resíduos do banheiro e a válvula de descarga drena os resíduos. Quando o botão de descarga no vaso sanitário é pressionado, a unidade de controle de descarga abre as válvulas de água e descarga, permitindo que a água saia do vaso sanitário para um tanque de resíduos.

Ao nível do solo, a pressão de descarga é fornecida por um gerador de vácuo. Este gerador é alimentado eletricamente e está conectado ao tanque de resíduos por meio de uma tubulação. Sempre que o botão de descarga é pressionado, o gerador de vácuo entra em operação, criando um vácuo no tanque de dejetos, que permite que o conteúdo dos dejetos dos banheiros caia no tanque. Quando no ar e acima de uma certa altitude, a diferença de pressão entre a cabine e a atmosfera é suficiente para puxar os dejetos do vaso sanitário para o tanque de dejetos. O gerador de vácuo, portanto, não é mais necessário.

Em algumas aeronaves mais antigas e menores, o banheiro é do tipo recirculação. Neste tipo de sistema sanitário não existe depósito de dejetos. Em vez disso, é usado um tanque de retenção com uma solução de lavagem. Este fluido de lavagem contém desinfetantes que dão à água uma cor azul. No tanque de retenção, há uma bomba e um filtro. O serviço de um banheiro de recirculação é semelhante a um banheiro a vácuo. A única diferença é que uma vez que o tanque de retenção é esvaziado, ele precisa ser reabastecido ou recarregado com novo fluido de lavagem, pois requer esse líquido para o trabalho de lavagem.

Às vezes, esses tipos de banheiros podem vazar. Isso ocorre principalmente devido à manutenção inadequada do banheiro ou a falhas de componentes. Durante o voo, qualquer água residual do sistema sanitário pode congelar, o que pode deixar uma linha de fluido de lavagem congelado na fuselagem da aeronave. A solução congelada pode até cair da aeronave. Como se o banheiro fosse servido com desinfetante azul, o gelo formado pode ser azul. Isso às vezes é chamado de gelo azul.